多肽的溶解性很大程度上取決于多肽的極性。酸性的蛋白溶解于堿性溶液，而堿性蛋白可溶解于酸性溶液，含有大量不帶電荷的極性氨基酸殘基或疏水性氨基酸的疏水性多肽和中性多肽可先溶解于少量有機溶劑中，如DMSO、DMF、醋酸、乙腈、甲醇、丙醇或異丙醇，然后加水（蒸餾水）稀釋。含有甲硫氨酸或半胱氨酸的多肽不能用DMSO溶解，因為DMSO可能造成側鏈氧化。
多肽溶解測試： 在多肽溶解之前先取小部分進行多肽溶解測試，您需要測試幾種不同的溶劑，直到找到最適當的一種(根據實驗需求及溶解性實驗確定）。超聲處理有助于打碎顆粒并增加溶解度。（注意: 超聲處理會引起溶液發熱和多肽降解。）
1.將每個酸性氨基酸賦值為－1，包括天冬氨酸（D）、谷氨酸（E）、以及C端-COOH。每個堿性氨基酸賦值為＋1，包括精氨酸（R）、賴氨酸（K）、組氨酸（H）以及N端-NH2。然后計算整個多肽的電荷數。
2.如果整段肽所帶電荷是正電荷的，說明該肽是堿性的。可先嘗試用蒸餾水來溶解；如果不溶于水，接著嘗試用少量10%-25%醋酸溶解，如果仍然失敗的話，添加一些TFA（10-50微升）來增溶，然后用水稀釋至理想濃度。
3.如果整段肽所帶電荷是負電荷的，說明該肽是酸性的。可先嘗試用蒸餾水來溶解；如果不溶于水，可以嘗試用PBS（PH 7.4）來溶解，如果再不溶的話，添加少量的堿性溶劑，如0.1 M的碳酸氫銨，然后加水稀釋至理想濃度。含有游離半胱氨酸的多肽應溶于脫氣的酸性緩沖液中，因為當PH值大于7時，巰基會被迅速氧化成二硫化物。
4.如果整段肽電荷是零，說明肽是中性的。中性肽通常溶于有機溶劑。首先，嘗試添加少量乙腈、甲醇或異丙醇。對于高度疏水的多肽，可使用少量的二甲基亞砜溶解，然后用水稀釋至理想濃度。對于含有自由半胱氨酸的肽，需使用DMF而不是DMSO。對于有聚集傾向的肽，可添加6M鹽酸胍或8M尿素，然后進行必要的稀釋。
為了防止或盡量減少多肽降解，請將多肽以凍干粉形式保存在-20°C，-80°C更佳。如果需要保存溶液肽，最好分成小樣存放，以避免反復凍融。一份樣品融凍后未用完，應扔掉。細菌降解有時會成為溶液肽的麻煩，所以請將肽溶于無菌水或肽溶液過濾除菌。
堿性氨基酸: K, R, H, N-terminus
酸性氨基酸: D, E, C-terminus
極性中性氨基酸: S,N,Q,T,C,P
非極性疏水氨基酸: G, A,M,F,W,V, Y,I,L 乙酰基，酰胺基
舉例說明：
KKEEFILGASRHD: (+5) + (-4) = +1 認為是堿性多肽，見步驟2
ERDDFILGASEHK: (+4) + (-5) = -1 認為是酸性多肽，見步驟3
AKDEFILGASEHR: (+4) + (-4) = 0 認為是中性多肽，見步驟4
通常，酸性、堿性氨基酸數量超過氨基酸總數的50%，可以用水進行溶解。如果在具體的實驗過程中有溶解性問題，可點擊此處，對溶解性進行預測或聯系我們，獲得技術支持。